凤蝶科是具有重要进化地位的蝴蝶支系，因其丰富的色彩和形态等多样性，是昆虫生态与进化研究的热门主题。记者19日从中科院昆明动物研究所获悉，该所进化基因组学与基因起源研究组近日发布了中华碧凤蝶染色体水平基因组。根据所构建的进化树提示，这种美丽的物种竟起源于约五千万年前。

蝴蝶因其丰富的形态多样性，自达尔文时代就作为研究物种适应性进化的重要类群之一，近几年更被认为是研究形态遗传、进化和发育的理想模型，已成为发育生物学、进化生物学、种群遗传学、保护生物学和生态学等研究领域的重要模式生物之一。 

李学燕副研究员介绍，研究组曾在2015年完成所有蝴蝶模式种金凤蝶及其近缘种柑橘凤蝶两种凤蝶基因组的基础上，对广泛分布在东亚、南亚以及东南亚并对体色进化及物种分化具有重要研究意义的碧凤蝶进行了基因组研究。他们运用三代长读长测序技术，结合高通量染色体构象捕获技术，成功地组装了碧凤蝶染色体水平的基因组，共有29条常染色体和1条性染色体。这也是首个利用高通量染色体构象捕获技术完成的染色体水平的蝴蝶基因组，其总长约为421.52 Mb。基因组注释的结果表明，这是所有已发表的蝴蝶基因组中重复序列最高的基因组，注释到的蛋白编码基因共15375个。

研究人员利用4D位点以及直系同源基因构建的进化树还提示，凤蝶属起源于3900万年至5700万年之间，它与柑橘凤蝶和金凤蝶的分歧约在两至三千万年间。通过对碧凤蝶的历史种群动态进行分析结果显示，碧凤蝶种群从最近的一次间冰期开始增加，直至末次盛冰期为止，这与先前对其他昆虫的研究结果一致。

碧凤蝶染色体水平的参考基因组不仅为研究碧凤蝶特殊生物学特性的遗传和分子机制奠定了基础，也为凤蝶、乃至整个蝴蝶资源开发和生物多样性保护提供了基础资料。此项研究以“基于第三代DNA测序和Hi-C分析的中华碧凤蝶染色体水平参考基因组”为题，发表在华大基因大数据期刊GigaScience上。